توماس آندرسون مردی است که دو زندگی کاملا متفاوت دارد. او در روز یک برنامه نویس کامپیوتر معمولی است و در شب یک هکر معروف به نام نئو! نئو همیشه واقعیت خود را زیر سوال می‌برد، اما حقیقت بسیار فراتر از تصور اوست. زمانی که مورفیوس، یک هکر افسانه ای کامپیوتر که توسط دولت به عنوان تروریست شناخته شده، با او تماس می‌گیرد، نئو خود را تحت تعقیب پلیس می‌بیند. او به عنوان یک شورشی در برابر ماشین‌ها، باید با برنامه های کامپیوتری فوق العاده قدرتمندی که برای متوقف کردن نئو و کل شورش انسانی اختصاص داده شده اند، بجنگد.